1957年设南水乡，属中山县。1961年改南水公社，属珠海县。1979年珠海设市，划属香洲区，1986年建镇。位于市境西南部，由南水半岛和高栏、荷包等10多个岛屿组成，陆地面积84平方公里，人口0.8万。镇中心距市城区中心40公里、珠海港口9公里、珠海机场20多公里，水路距香港45公里、澳门15公里。市区至港口的高速公路直达镇南，珠海国际深水港位于辖区内。辖南水、海安、南郊、南场、金龙、高栏、沙白石、铁炉、飞沙、荷苞10个村委会。以农、渔业为主，产品有稻谷、虾、蟹、鱼等。建有1个墟镇。境内发现的具有3000多年文化历史的摩崖石刻画是广东省重点保护文物。.

2020年7月29日，全国爱国卫生运动委员会重新确认南水镇为2020年国家卫生乡镇（县城）。

2012年12月24日，环境保护部授予南水镇2010—2011年度国家级生态乡镇称号。